지난 4년 동안 오만불손한 행동으로 도의 행정을 망쳤으니 천벌을 받아 마땅하다! 도지사 앞으로 익명의 협박 편지가 도착하고 그 후 대도심 한 복판에서의 폭탄 테러가 발생한다! 코난의 기지로 폭파 15초를 남겨두고 대참사를 막게 된다. 이 사건으로 인해 코난은 더 큰 참사가 발생할 것이라는 것을 예견하고 도지사 참석 예정인, 이전 5주년 기념식이 준비 되고 있는 북촌 마을을 찾아간다. 그 곳에서 만난 8년 만에 모인 북촌 마을 동창생 5명, 그들이 서로 얽혀있는 8년 전 뺑소니 교통 사고 등 수상한 과거의 사건들을 되짚어 가는 도중에 수수께끼 같은 설원 속 살인 사건이 발생한다. 범인을 밝혀내기도 전에 북촌댐 폭파 테러라는 또 다른 위기가 찾아오고, 코난은 다시 한 번 대 참사의 위기에 맞서게 되는데…

일본에서 가장 높은 빌딩이라는 쌍둥이 빌딩에 들른 코난 일행은 그곳에서 빌딩 건설을 둘러싼 비밀이 있다는 것을 알게 된다. 첫번째 살인 사건이 일어나는 동안 정체불명의 포르쉐가 빌딩 근처에 나타나고, 코난은 그 차가 검은 조직의 것이라고 확신한다. 한편 의식을 잃은 쉐리는 매일밤 누군가와 연락을 취하는데...